Накануне премьеры «Новых мутантов» в кинотеатрах пользователи Сети обнаружили инсайдерскую информацию касаемо производства ленты. Так, по первоначальному замыслу действие картины должно было происходить в 80-х годах. Тогда ленту можно было сюжетно связать с «Людьми Икс: Апокалипсис» и графиком основной франшизы. Но сначала идея разочаровала критиков, а затем продюсеры посчитали сценарий убыточным, и режиссер Джош Бун представил собственное видение гибридного фильма ужасов о мутантах.
Сообщается, что премьера чернового варианта ленты настолько разочаровала компанию Fox, что они даже задумались о полной пересъемке фильма. Эти слухи объясняют постоянный перенос релиза «Новых мутантов», начиная с 2015 года. По некоторым данным, в оригинальном замысле Буна подростки носили ирокезы, рисовали неприличные граффити на стенах и могли нецензурно выругаться. А известная героиня «Людей Икс» Шторм выступала в ленте в роли садистки, которая фактически пытала детей. Эти сцены смутили продюсеров компании.
Fox привлекла к работе новых сценаристов, которые начали длительное противостояние с режиссером. В результате студия уже была готова отказаться от ленты, но произошло ее слияние с Disney, а права на историю о мутантах перешли к Marvel.